Podjęcie decyzji w 1922 r. o wybudowaniu portu morskiego w okolicy Gdyni w naturalny sposób wiązało się z szybkim rozwojem tej początkowo małej wsi kaszubskiej. Szybki przyrost liczby mieszkańców jak również zainteresowanie Gdynią jako ośrodkiem wypoczynkowym, zrodziło w sercach ludzi pragnienie wzniesienia, jak początkowo planowano, kaplicy sezonowej, aby ten sposób ułatwić wszystkim przeżywanie wiary bez konieczności udawania się do oddalonego o 3,5 km kościoła parafialnego w Oksywiu.

Po wielu staraniach, z inicjatywy sołtysa Gdyni Jana Radtke, został zawiązany komitet budowy kościoła, dzięki czemu wspólnymi siłami w dniu 29 września 1922r. mieszkańcy Gdyni rozpoczęli budowę nowej świątyni, według projektu Romana Wojkiewicza i Mariana Baranowskiego. Tego dnia też proboszcz oksywski, ks. Franciszek Ławicki wraz z licznie zebranymi mieszkańcami Gdyni poświęcił teren pod nowy kościół. Fundamenty zostały położone z kamienia, stanowiącego balast jednego z pierwszych statków zagranicznych, cumujących w gdyńskim porcie.

Jednak trakcie znoszenia murów podjęto decyzję o budowie kościoła większych rozmiarów. W ten sposób, po dwóch latach intensywnych prac, w dniu 3 maja 1924r. ksiądz Ławicki mógł dokonać poświęcenia kościoła. Nowej gdyńskiej świątyni nadano tytułu Najświętszej Maryi Panny a rok później wzbogacono wezwaniem Królowej Polski.

Budynek został zaprojektowany i wykonany w stylu neobarokowym, beczkowate sklepienie wykonane z beczek okrętowych, służących do przewozu towarów, zostało wsparte na ośmiu filarach, biegnących wzdłuż bocznych ścian świątyni. W prezbiterium umieszczono ołtarz główny, wykonany przez mistrza stolarskiego Juliusza Bradtke z Wejherowa, zaś w samym ołtarzu umieszczono obraz Matki Bożej Pocieszenia.

Po bokach świątyni znajdowały się dwa, niezachowane do dzisiejszych czasów, ołtarze boczne: św. Piotra, ufundowany przez Gdyńskich rybaków oraz św. Jana Nepomucena, patrona ulicy Świętojańskiej, fundacji rodziny Jana Radtke, natomiast przy wejściu pod chórem zawieszono model okrętu ofiarowany przez komandora Bramińskiego.

Te materialne świadectwa świadczą o głębokim przywiązaniu mieszkańców Gdyni do Boga oraz świadomości nierozerwalnych więzi Gdyni z morzem. W latach 70 XX w. Świątynia zbogaciła się o trzy boczne kaplice, dwie usytuowane po bokach wieży w tylnej części kościoła (św. Judy Tadeusza ora św. Antoniego) oraz kaplicę św. Maksymiliana Marii Kolbego, przemianowaną później na kaplicę Katyńską umiejscowioną po lewej stronie prezbiterium.

26 czerwca 2001 r. kościół uzyskał tytuł Kolegiaty oraz powstała przy nim Gdyńska Kapituła Kolegiacka. Po dziś dzień nie tylko służy wiernym, ale pozostaje także pamiątką trudów lat minionych oraz symbolem oddania się mieszkańców Gdyni pod opiekę Matki Boskiej. Budując duchowy pomost pomiędzy czasami współczesnymi a początkami miasta Świątynia daje świadectwo wiary, a wszystkim potrzebującym oparcie duchowe.

Z dniem 1 lipca 2008 r. Ks. Prałat Prepozyt Edmund Wierzbowski przeszedł na zasłużoną emeryturę, pozostając na terenie parafii w charakterze rezydenta. Tego samego dnia nowym proboszczem obu kościołów został mianowany Ks. Prałat Edmund Skalski, dotychczasowy proboszcz witomińskiej parafii pw. św. Maksymiliana Kolbe.